Enfermé depuis 25 ans dans la Loge Noire, l'esprit de l'agent special Dale Cooper reçoit un nouveau message du Géant : Bob, l'esprit démoniaque qui s'est emparé de son corps, va se manifester à nouveau. Pendant ce temps, sur Terre, Mr. C, le double maléfique de l'agent, continue de semer le chaos, avec l'aide d'une bande de malfrats. A New York, au dernier étage appartenant à un milliardaire, un étudiant est chargé de surveiller une étrange boîte en verre toute la journée.