Lupin e la sua banda sono sulle tracce di una statuetta del Buddha nella quale è racchiuso il segreto per ritrovare un'antica e potentissima arma creata nel sedicesimo secolo da un gruppo di scienziati italiani fuggiti in Giappone per sfuggire alle persecuzioni della Chiesa. Sulle tracce del tesoro ci sono anche Asuka, l'ultima discendente del clan ninja dei Fuma incaricata di proteggere il segreto dell'arma, e l'antica setta segreta di Morgana, che punta a servirsene per ricreare l'Impero romano.