Den femte säsongen av NCIS hade premiär den 25 september 2007 och markerar slutet på Donald P. Bellisarios engagemang som showrunner. Den nya showrunner, från och med den här säsongen är Shane Brennan. Han avslutar La Grenouille-historien som slutade med en cliffhanger i säsong fyras final: "Angel of Death". Den här säsongen avslöjar också mer bakgrundsinformation om Gibbs.