C.E.73年10月2日,奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万,决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈,与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉;而就在同一个地方,ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。 一派轻松的气氛下,“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛,并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员——史黛拉·露歇,但双方并不知道彼此的真实身份。 就在入水仪式即将举行的时候,阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击,ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重,而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻,飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。