Yoshika Miyafuji ist ein vierzehnjähriges Mädchen, das magische Heilkräfte besitzt. Eines Tages wird sie von Mio Sakamoto, Major des 501. Joint Fighter Wing a.k.a. Strike Witches, angesprochen, um sich ihrem Team anzuschließen. Einige Tage nachdem Yoshika die Einladung wegen ihrer Abneigung gegen Kriege abgelehnt hat, erhält sie einen Brief.