Siete años antes del arranque de la serie, un meteorito se estrelló contra el distrito de Shibuya, en Tokio. Del meteorito surgieron unas formas de vida alienígenas llamadas Worms. Estas criaturas monstruosas tienen la capacidad de adoptar la forma de los humanos que matan y absorber sus recuerdos. Una organización llamada ZECT se ha formado para enfrentarse a esta amenaza y lo ha hecho durante los últimos siete años mientras la población permanecía ajena al incidente salvo las víctimas de Shibuya, zona que se acordonó para que no entrara nadie. En la actualidad, un joven oficial de ZECT, Kagami Arata, que perdió a su hermano menor hace dos años tras un ataque de los Worms, ha obtenido el permiso de probar la última tecnología de asalto contra los Worms que, utilizando un cinturón y un insecto robótico como llave llamado Zecter le permitirá transformarse en Kamen Rider. Sin embargo, en el primer asalto, se presenta otro joven, que no pertenece a ZECT, pero que tiene un dispositivo similar al suyo, y el Zecter decide elegir a este joven en lugar de a Arata para transformarle en Kamen Rider Kabuto. Todos en ZECT se preguntan quién es el nuevo Kamen Rider y cómo y de dónde sacó ese cinturón. Solo Arata descubre su identidad y mantiene el secreto por el momento. Se trata de Sōji Tendō, un joven de 21 años que vive con su hermana menor, al que se le da extraordinariamente bien preparar platos de alta cocina. Arata, por su parte, también mantiene una doble vida, combinando su trabajo en ZECT con otro trabajo a medio tiempo en un restaurante, el Bistro Lasalle, junto a su compañera Hiyori, una muchacha de carácter muy reservado y de pasado incierto, que no sabe nada del trabajo de Arata en ZECT, pero que tiene pesadillas con una criatura similar a Kabuto que mató hace años a sus padres.