Japón ha entrado en una nueva era de innovaciones tecnológicas a medida que Hiden Intelligence, la compañía líder en investigación de inteligencia artificial, desarrolla los HumaGear. Androides cibernéticos que se han convertido en un elemento básico tanto en la vida pública como en la privada. Sin embargo, una organización terrorista conocida como "MetsubouJinrai.NET" ha hackeado varios de estos HumaGears y los ha puesto en contra de la sociedad en aras de eliminar a la humanidad. En un esfuerzo por combatir esto, el gobierno ha establecido el Escuadrón Militar de Inteligencia Artificial, o A.I.M.S., para destruir estos HumaGears hackeados. Mientras tanto, un comediante fallido llamado Aruto Hiden es nombrado de repente presidente de Hiden Intelligence después de la muerte de su abuelo. Aunque inicialmente no estaba interesado, es testigo de primera mano de los ataques terroristas de "MetsubouJinrai.NET" y decide luchar como Kamen Rider Zero-One en aras de mantener las apariencias como presidente.