W sterylnych laboratoriach Kamino, schorowany żołnierz klonów Tup i jego przyjaciel ARC Trooper Fives są poddawani kwarantannie w celu zbadania po szokującym zamordowaniu przez Tupa Mistrza Jedi. Z pomocą droida medycznego AZI-3, Piątka jest zdeterminowana, aby dotrzeć do sedna stanu Tupa i odkryć tajemnicę zakopaną głęboko w programie klonowania Republiki.